小鼠血液中年齡相關(guān)的ＤＮＡ甲基化微單倍型的篩選與驗(yàn)證
2024.07.05目的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型是指極短范圍內(nèi)多個(gè)甲基化位點(diǎn)的組合，其單倍型具有豐富的多樣性。 篩選和驗(yàn)證小鼠血液中年齡相關(guān)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型。
方法 首先，構(gòu)建基于小鼠參考基因組的 ＤＮＡ 甲基化 微單倍型理論數(shù)據(jù)集。 其次，利用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)中小鼠血液 ＤＮＡ 甲基化高通量測(cè)序信息，采用 Ｓｐｅａｒｍａｎ 秩相關(guān)分析 方法篩選年齡相關(guān)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型。 最后，以驗(yàn)證數(shù)據(jù)集交叉驗(yàn)證。
結(jié)果 小鼠基因組中 ５０ ｂｐ 范圍內(nèi)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型位點(diǎn)數(shù)量共計(jì) ６７８７ １４２ 個(gè)，由個(gè)位數(shù)的 ＣｐＧ 位點(diǎn)所組成的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型占比 ９８.６４％。 在 ５８ 個(gè)小鼠血液樣本中共篩選出 ５８３５ 個(gè)年齡相關(guān)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型（ Ｓｐｅａｒｍａｎ 秩相關(guān)檢驗(yàn)， ｜ｒｈｏ ｜ ＞ ０.５， Ｐ ＜ ０.０１），在 ＤＮＡ 甲基化微單倍型中占 ０.０８６％。 最后，在 ９５ 例獨(dú)立的樣本中對(duì)具有高相關(guān)性的前 １００ 個(gè)年齡相關(guān)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型進(jìn)行驗(yàn)證，最終得到 ４４ 個(gè)位點(diǎn)。
結(jié)論 本研究篩選出的年齡相關(guān)的 ＤＮＡ 甲基化微單倍型可以為后續(xù)小鼠血液表觀年齡預(yù)測(cè)及衰老研究提供借鑒。
